美國(guó)Gaussian公司于2019年7月24日發(fā)布了Gaussian16 Revision C.01; GaussView6.1.1; TCP-Linda9.2; GMMX3.1版本。

Gaussian16 C.01版本的Linda版需要將Linda 升級(jí)至 TCP-Linda 9.2。

 

根據(jù)美國(guó)Gaussian公司的規(guī)定：2019年4月1日之后購(gòu)買(mǎi) Gaussian 16 Revision B.01, TCP-Linda 9.1,GMMX 3.0, GaussView 6.0.16 軟件的用戶，將在幾周內(nèi)收到美國(guó)Gaussian公司寄出的免費(fèi)升級(jí)軟件。

 

以下是Gaussian 16 Revision C.01 Release Notes，方便大家了解。

 

新模擬方法

·        [REV C] 支持NBO 7軟件接口。此版本有許多新的選項(xiàng)：Keyword: Pop=NPA7, Pop=NBO7, Pop=NBO7Read 及 Pop=NBO7Delete。分別代表需要計(jì)算自然布居分析(Natural Population Analysis)，全自然鍵軌道分析(full Natural Bond Orbital Analysis)，從輸入文件讀取信息的全NBO分析以及考慮剔除某些作用影響之后的NBO分析。此外，Pop=NEDA 可用于分析自然能量分解分析(Natural Energy Decomposition Analysis)。此功能所使用的分子碎片輸入文件信息與計(jì)算BSSE校正時(shí)一樣.

·        [REV C] The RESP (restrained electrostatic potential) 電荷可以在計(jì)算potential-derived charges時(shí)使用。例如, Pop=(MK,Resp=N) 將 N x 10^-6 Hartrees電荷施加于平方電荷. 其它靜電勢(shì)導(dǎo)出的電荷方法都可以使用此選項(xiàng)。(如 CHelp, HLY). N 默認(rèn)值為2.

·        [REV C] Pop=SaveHirshfeld 及 Pop=SaveCM5 可以保存特定形式的電荷到MM電荷中，以便于接下來(lái)的計(jì)算。

 

性能提升

·        Hartree-Fock及DFT計(jì)算在Linux系統(tǒng)下支持V100(Volta, [REV C]), P100 (Pascal, [REV B]), NVIDIA K40及K80 GPUs，上述GPUs顯卡計(jì)算性能都得到了提升。具體請(qǐng)參考 Using GPUs

 

用法提升

·        [REV C] 每個(gè)振動(dòng)模式的ROA不變量現(xiàn)在只由G16或freqchk輸出(如果指定了正常模式），而不是默認(rèn)輸出。

·        [REV C] Utilities 模塊中現(xiàn)在能使用 -m 參數(shù)指定所使用內(nèi)存大小。例如:

formchk -m=1gb myfile -m 選項(xiàng)必須寫(xiě)在文件名或者其它參數(shù)前。

·        [REV C]  Link 0命令中%SSH 及其等效命令可用于啟動(dòng)Linda workers, 而不是用rsh 或 ssh。

·        [REV C] 當(dāng)指定 Geom=AllCheck時(shí)一些默認(rèn)項(xiàng)可以重新設(shè)置:

·        Field=NoChk 可用于禁止從chk文件讀取外場(chǎng)系數(shù)。

·        Geom=GenConnectivity 強(qiáng)制重新計(jì)算原子連接關(guān)系，而不是使用chk文件中的信息。

·        Geom=UseStandardOrientation 使用chk文件中的標(biāo)準(zhǔn)坐標(biāo)作為新作業(yè)的坐標(biāo)

·        [REV C] 穩(wěn)態(tài)結(jié)構(gòu)優(yōu)化中的一些默認(rèn)項(xiàng)可以重新設(shè)置:

·        Opt=NGoUp=N 在只進(jìn)行線性搜索之前，允許能量增加N倍。默認(rèn)值為1（在第二次能量增加后只執(zhí)行線性搜索）；n=-1表示在能量增加時(shí)強(qiáng)制執(zhí)行線性搜索。

·        當(dāng)接近鞍點(diǎn)時(shí)，Opt=NGoDown=N使程序?qū)?/span>Hessian的最多N個(gè)特征向量與負(fù)特征值混合，形成遠(yuǎn)離鞍點(diǎn)的一步。默認(rèn)值為3；N=-1表示關(guān)閉此功能，并且算法只執(zhí)行常規(guī)的RFO步驟。

·        Opt=MaxEStep=N 表示從鞍點(diǎn)離開(kāi)時(shí)，下一步要移動(dòng)的長(zhǎng)度為N/1000 (Bohr or radians)。對(duì)于常規(guī)優(yōu)化，默認(rèn)值為N=600 (0.6)，對(duì)于ONIOMOpt=Quadmac 計(jì)算，默認(rèn)值為N=100 (0.1)。

·        [REV C] 多維勢(shì)能面掃描的信息現(xiàn)在存儲(chǔ)在fchk文件中，其中包含有關(guān)軸的詳細(xì)信息，因此這些信息可以顯示在GaussView和其他程序中。

·        [REV C] 本版本將在chk文件中存儲(chǔ)和檢查版本號(hào)。這可以避免由于不同版本chk文件導(dǎo)致的各種復(fù)雜問(wèn)題。c8616程序可用于更新chk文件。并且-fixver選項(xiàng)可以 unfchk，即使輸入格式的chk文件中沒(méi)有版本，它也會(huì)自動(dòng)創(chuàng)建一個(gè)當(dāng)前版本。

·        [REV C] 支持使用4字節(jié)或8字節(jié)整數(shù)的原始二進(jìn)制文件。默認(rèn)為4字節(jié)(NEC系統(tǒng)除外)。此功能支持包括Output 關(guān)鍵詞和formchk程序的新選項(xiàng)、新的Link 0命令以及新的命令行選項(xiàng)和環(huán)境變量。

·        [REV C] 本版本將向矩陣元素文件中添加有關(guān)ONIOM層、優(yōu)化和軌跡結(jié)果的信息。它還為Output 關(guān)鍵詞增加了新的選項(xiàng)，包括AO雙電子積分、重疊導(dǎo)數(shù)、核心哈密頓量和其他矩陣和/或AO 雙電子積分導(dǎo)數(shù)。

·        [REV C] 腳本功能增強(qiáng)：

·        ONIOM方法中當(dāng)使用外部程序/腳本時(shí)，外部關(guān)鍵字(External keyword)的AllAtoms 及 ActiveAtoms用于提供所有原子的信息，或僅提供模型（高層）中的原子的信息。

·        $g16root/g16/bsd/inp2mat腳本接受Gaussian輸入文件并生成一個(gè)矩陣元素文件，其中包含輸入文件（坐標(biāo)、基組等）所隱含的信息，而不進(jìn)行完整的計(jì)算。這是由GauOpen中的python接口用來(lái)將這些信息導(dǎo)入到矩陣元文件中，但也可以在其他腳本中使用，以避免需要解析Gaussian輸入文件。

·        testrt 工具現(xiàn)在輸出G16使用的整數(shù)大小，以便腳本可以檢查在矩陣元文件中默認(rèn)使用的整數(shù)大小。

 

Bug修復(fù)

以下內(nèi)容在C.01版本中得到修復(fù):

·        在計(jì)算多個(gè)入射頻率的Raman 或 ROA時(shí)，使用Freq=Anharmonic產(chǎn)生的問(wèn)題已修復(fù)。

·        高角動(dòng)量和純DFT泛函計(jì)算時(shí)的內(nèi)存調(diào)用問(wèn)題得到修復(fù)。

·        合理地跳過(guò)了DFTB參數(shù)文件中的內(nèi)容。

·        早期中止的任務(wù)chk文件使用chkchk遇到的問(wèn)題已解決。

·        大分子體系中使用PM7R6方法的雜化項(xiàng)問(wèn)題已經(jīng)得到解決。

·        將GVB代碼中被占軌道數(shù)的限制提高到1000，解決了大分子FMM和GVB的一些問(wèn)題。

·        Grimme (D2或D3)色散校正與鬼原子(ghost atoms)的問(wèn)題得到解決。

·        Punch=MO 及chkchk -p輸出的軌道能量問(wèn)題已經(jīng)得到解決。

·        擴(kuò)展名 -fck= (/fck= on Windows systems) 命令行參數(shù)問(wèn)題已經(jīng)修復(fù)，默認(rèn)為.fck ，但 .fchk 仍然有用。

·        在一般基組輸入中指定命名基組時(shí)，以前未檢測(cè)到的一些錯(cuò)誤現(xiàn)在可以被識(shí)別出來(lái)。

·        解決了在ONIOM模型計(jì)算時(shí)在文件上運(yùn)行 formchk的問(wèn)題，或在計(jì)算期間停止的ONIOM作業(yè)的chk文件上運(yùn)行formchk的問(wèn)題。

·        修復(fù)了.fchk (或.fch)文件中MM參數(shù)值不完整或錯(cuò)誤的問(wèn)題。

·        Field=Read在使用密度擬合時(shí)，不再嘗試讀取兩次外場(chǎng)值。

·        CIS方法中的 SCF=Conventional 選項(xiàng)產(chǎn)生的錯(cuò)誤默認(rèn)值已經(jīng)得到修復(fù)。

·        鬼原子(ghost atoms)存在時(shí)使用Guess=Read產(chǎn)生的問(wèn)題已經(jīng)得到修復(fù)。

·        Punch=GAMESS 現(xiàn)在支持 H 及更高的函數(shù)。

·        在輸入文件中的原子說(shuō)明部分，又可以使用-2代表Tv 平移矢量。

·        解決了原子長(zhǎng)鏈分子生成內(nèi)坐標(biāo)的一些問(wèn)題。

·        當(dāng)雙電子積分閾值很小時(shí)，計(jì)算單電子導(dǎo)數(shù)的問(wèn)題已修復(fù)。

·        當(dāng)使用非默認(rèn)后自洽場(chǎng)方法(如 MP2=FreezeG2)進(jìn)行Opt+Freq計(jì)算時(shí)，不能進(jìn)行頻率計(jì)算的問(wèn)題已經(jīng)得到解決。

·        對(duì)incore內(nèi)存需求的低估問(wèn)題（這可能導(dǎo)致作業(yè)默認(rèn)為incore，然后導(dǎo)致內(nèi)存耗盡）被修復(fù)。