GaussView是專門針對(duì)Gaussian軟件開發(fā)的可視化圖形設(shè)置界面。通過(guò)GaussView您可以導(dǎo)入、構(gòu)建您感興趣的分子結(jié)構(gòu)，設(shè)置、運(yùn)行、監(jiān)視以及控制Gaussian軟件的計(jì)算過(guò)程，檢索、查看所需的各種計(jì)算結(jié)果數(shù)據(jù)。大大降低計(jì)算化學(xué)的門檻，方便各類科研人員的使用。
GaussView 6新版本發(fā)布，專門為方便簡(jiǎn)單地處理大型化學(xué)體系計(jì)算開發(fā)了許多新增功能。這些新增功能完全支持Gaussian 16所有新增的建模方法和功能。相信通過(guò)GaussView 6您能馬上便捷地使用Gaussian 16探究您研究的分子和反應(yīng)機(jī)理。
※ 顯示分子結(jié)構(gòu)
? 轉(zhuǎn)動(dòng)、平移及縮放3D結(jié)構(gòu)。
? 可以查看任何結(jié)構(gòu)參數(shù)的數(shù)值。
? 對(duì)同一結(jié)構(gòu)支持多個(gè)同步視窗或者獨(dú)立視窗。
? 可以單獨(dú)或者以分子集方式操作分子。
? 顯示格式支持：wire fame, tubes, ball & stick, space fill (CPK)。
? 可顯示每個(gè)元素的序號(hào)、符號(hào)、NMR屏蔽值。
? 顯示立體化學(xué)信息（R，S）。
? 高亮、隱藏原子。
※ 建模
? 如提供元素周期表、官能團(tuán)、環(huán)狀結(jié)構(gòu)、氨基酸、核苷、以及自定義模板。
? 支持導(dǎo)入各種標(biāo)準(zhǔn)分子格式，如PDB，Gaussian 輸入輸出文件、Sybyl文件（.mol2）、MDL（.mol, .rxn, .sdf）、晶體格式文件（.cif）、包含多個(gè)結(jié)構(gòu)的 .sdf及 .mol2 文件。
? 自動(dòng)或手動(dòng)對(duì)整個(gè)分子或者選定的殘基和二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行精確加氫。
? 修改鍵長(zhǎng)及類型、鍵角、二面角。
? 通過(guò)一個(gè)清理程序得到合理的初始結(jié)構(gòu)。
? 對(duì)給定結(jié)構(gòu)限定對(duì)稱性。
? 鏡像結(jié)構(gòu)倒轉(zhuǎn)、選定原子結(jié)構(gòu)倒轉(zhuǎn)。
? 給選定原子中心增加一個(gè)原子或碎片。
? 定義原子組類別。
? 定義非標(biāo)準(zhǔn)同位素。
? 可以建立聚合物、2D表面、3D晶體結(jié)構(gòu)（PBC模塊）。
? ONIOM分層。
? 顯示及定義MM原子類型及電荷。
? 增加或重新定義冗余內(nèi)坐標(biāo)。
? 幾何優(yōu)化過(guò)程中定義凍結(jié)原子或坐標(biāo)。
? QST2/QST3過(guò)渡態(tài)尋找時(shí)定義等價(jià)原子。
? 處理分子軌道：選擇、重排等。
? 分子碎片猜測(cè)及BSSE計(jì)算時(shí)定分子碎片。
? 分子說(shuō)明部分包含PDB數(shù)據(jù)。
? 頻率計(jì)算可以選擇簡(jiǎn)振模。
? NMR耦合常數(shù)計(jì)算時(shí)指定原子。
※ 計(jì)算設(shè)置和運(yùn)行
? 通過(guò)圖形界面選擇計(jì)算方法，自動(dòng)產(chǎn)生輸入文件（支持所有Gaussian特性）。
? 可以選擇溶劑化模型及定義其它參數(shù)。
? 定義計(jì)算資源（核、內(nèi)存、節(jié)點(diǎn)等）。
? 可定義計(jì)算方法模板。
? 支持“快速啟動(dòng)”計(jì)算。
? 監(jiān)控Gaussian 計(jì)算。
※ 顯示Gaussian計(jì)算結(jié)果
? 顯示原子電荷。
? 顯示分子軌道、電子密度、靜電勢(shì)、自旋密度、NMR屏蔽密度的表面及輪廓圖。
? 顯示振動(dòng)模式（頻率計(jì)算）。
? 繪制圖譜，如IR、Raman、NMR、VCD、ROA、UV-Visible、ECD等。
? 定義入射光頻率。
? 顯示NMR結(jié)果、幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化過(guò)程、IRC、勢(shì)能面掃描、BOMD和ADMP軌跡。
? 計(jì)算結(jié)果存為圖片（靜態(tài)、動(dòng)態(tài)）。
? 數(shù)據(jù)導(dǎo)出。
? x86-64 Linux
? IA32 Linux
? 64-bit MacOSX
? 32-bit Windows
? 64-bit Windows
非諧振頻率分析
GaussView 6 可以顯示IR, Raman, VCD及ROA的諧振和非諧振光譜結(jié)果，所預(yù)測(cè)非諧振峰、強(qiáng)度將同諧振峰、強(qiáng)度同時(shí)顯示（同時(shí)包括倍頻及組合峰）。
所得譜圖可以圖片形式展示，包括獨(dú)立展示或者同時(shí)在單個(gè)圖中展示。例如，下圖左邊展示的是VCD光譜的諧振光譜，中間部分展示的則是VCD光譜的非諧振光譜，右邊展示的則是兩者的組合光譜。
PCM溶劑模型孔洞
GaussView 6 可以展示SCRF溶劑模型的孔洞，既可用全色展示，又可用網(wǎng)格和點(diǎn)展示，溶劑模型孔洞可根據(jù)用戶喜好選定。例如，下圖所示的原子孔洞表面可以用特定顏色展示（此表面已設(shè)置為透明）。
ORD（旋光色散光譜）
GaussView 6 可以展示旋光色散光譜計(jì)算的結(jié)果。分子組（molecule group）中每個(gè)分子的ORD光譜都能單獨(dú)展示。下圖所示為五個(gè)分子在特定激發(fā)頻率下的ORD光譜，其中每個(gè)點(diǎn)為特定波長(zhǎng)下所預(yù)測(cè)的旋光度。
電子振動(dòng)光譜
GaussView 6 能展示電子振動(dòng)分析結(jié)果，諸如電子振動(dòng)光譜以及Duschinky矩陣。例如，下圖展示的是單光子吸收電子振動(dòng)光譜。躍遷(blue sticks)，躍遷對(duì)應(yīng)的光譜(red curve)及最終的光譜(black curve)都能同時(shí)展示。
下圖展示的是每對(duì)始態(tài)和終態(tài)的Duschinsky重疊矩陣，顏色從白色(0% overlap)到全色(100% overlap)標(biāo)注。例如，我們可以看見在40左右始態(tài)和終態(tài)的重疊系數(shù)在 40-60%左右。
更加完善的計(jì)算總結(jié)
GaussView 6 可以顯示更多的計(jì)算結(jié)果：
● Overview 欄顯示計(jì)算得到的重要信息，新增溶劑化模型及極化率信息。
● Thermo 欄只有在進(jìn)行頻率計(jì)算后才會(huì)顯示，它可以顯示各種熱力學(xué)值。
● Opt 欄只有在進(jìn)行幾何優(yōu)化之后才會(huì)顯示，它可以顯示當(dāng)前優(yōu)化下的收斂情況，包括maximum, RMS force, displacement及能量變化。
保存視頻文件
你可以使用GaussView6 來(lái)保存正則振動(dòng)動(dòng)畫及振動(dòng)模（MP4格式）。當(dāng)保存正則振動(dòng)動(dòng)畫時(shí)，你可以指定重復(fù)的頻率、向前（或后）播放、調(diào)整振動(dòng)速度和流暢性等。振動(dòng)動(dòng)畫可以指定位移幅度、展示矢量位移及偶極矩等。
組合圖
GaussView 6 可以從多個(gè)文件中以組合圖的形式查看結(jié)果。主要功能如下：
● 可以改變線、短線以及兩者組合的意義。
● 指定線短線的特征，包括粗細(xì)及顏色。
● 繪制組合線以及指定其外觀。
● 對(duì)每個(gè)數(shù)據(jù)分配權(quán)重，包括Boltzmann平均。例如，下圖展示的是4個(gè)構(gòu)象的VCD光譜以及Boltzmann分布下的VCD光譜(dashed green line)，我們可以得知組合光譜圖中構(gòu)象1所占比重最高。
一步設(shè)置多個(gè)作業(yè)
GaussView 6可以通過(guò)幾步簡(jiǎn)單操作對(duì)一個(gè)分子組(molecule group)進(jìn)行Gaussian作業(yè)設(shè)置。過(guò)程如下：
● 確保所有分子都在一個(gè)分子組(molecule group)中。
● 在Gaussian Calculation Setup欄中按正常步驟來(lái)設(shè)置job type, model chemistry, title及其它關(guān)鍵詞。
● 點(diǎn)擊Assign to Molecule Group 按鈕，使上述設(shè)定應(yīng)用到分子組中的所有分子上。
● 保存時(shí)，設(shè)置 Save Molecule Group為每個(gè)分子創(chuàng)建獨(dú)立文件。前綴及（或）分子編號(hào)可以加入到每個(gè)文件當(dāng)中。
● 在下例中，我們通過(guò)構(gòu)象搜索得到了84個(gè)分子。我們將作業(yè)設(shè)置為Opt+Freq，然后應(yīng)用到分子組中的每個(gè)分子上，當(dāng)保存時(shí)，每個(gè)分子將會(huì)產(chǎn)生獨(dú)立的輸入文件。
GMMX 構(gòu)象搜索
GaussView 6 可以使用新增GMMX模塊進(jìn)行構(gòu)象搜索。你可以通過(guò)以下一種或多種方法進(jìn)行構(gòu)象搜索：
● 對(duì)于 Cartesian 搜索，每個(gè)重原子將在X, Y, Z方向上隨機(jī)移動(dòng)一個(gè)距離。此方法在尋找局域最小值（local minima）時(shí)較為有效。
● 對(duì)于Bonds方法，每個(gè)已選擇的鍵將會(huì)隨機(jī)旋轉(zhuǎn)一個(gè)值，這會(huì)使分子構(gòu)象產(chǎn)生較大變化。此方法在尋找局域最小值間的相互轉(zhuǎn)化時(shí)較為有效。
● 對(duì)于環(huán)狀化合物，在Bonds方法中提供了Ringmaker策略。它將打開環(huán)中的一根鍵，旋轉(zhuǎn)其余鍵，然后再試圖重新閉環(huán)。如果閉環(huán)之后的鍵長(zhǎng)及鍵角不合理，那么此構(gòu)象將不會(huì)采納，程序?qū)?huì)進(jìn)入下一個(gè)可能的搜索。此方法對(duì)于8元環(huán)（或更大環(huán)）這樣易變形的分子較為有效。而對(duì)于不易變形的環(huán)狀化合物，此方法則效果不佳。對(duì)于這種情況， Cartesian 搜索方法則較為有效。
一旦GMMX 搜索完成，所有的構(gòu)象信息將會(huì)列出，你可以使用GaussView 6以單個(gè)分子組形式打開和查看。同樣，你可以查看這些構(gòu)象的能量。
SC作業(yè)管理系統(tǒng)
SC作業(yè)管理系統(tǒng)是為局域網(wǎng)計(jì)算機(jī)而設(shè)置的隊(duì)列系統(tǒng)（已載入GaussView 6中的服務(wù)器）?？梢栽O(shè)置作業(yè)、加入一個(gè)隊(duì)列及無(wú)需任何操作的情況下自動(dòng)運(yùn)行等。
在SC作業(yè)管理系統(tǒng)中有3個(gè)獨(dú)立的隊(duì)列，每個(gè)隊(duì)列可以指定同時(shí)運(yùn)行的作業(yè)數(shù)量。作業(yè)的狀態(tài)可以通過(guò)SC作業(yè)管理系統(tǒng)中的Running Jobs及Finished Jobs 欄查看。SC作業(yè)管理系統(tǒng)也可以編輯作業(yè)類型（job types）、定義默認(rèn)隊(duì)列及其它高級(jí)設(shè)置。
對(duì)稱性
GaussView中的點(diǎn)群對(duì)稱性功能可以讓你提高當(dāng)前分子的對(duì)稱性，可以限制一個(gè)分子為特定點(diǎn)群，之后的所有操作將會(huì)保持此對(duì)稱性。
GaussView 6 允許降低當(dāng)前分子的對(duì)稱性。對(duì)于Jahn-Teller扭曲來(lái)說(shuō)，保持某些分子的對(duì)稱性對(duì)計(jì)算設(shè)置來(lái)說(shuō)很有效，下圖所示分子點(diǎn)群由D3h 變?yōu)镈3。
刷選工具
GaussView6 提供三種不同的工具來(lái)選擇分子中的原子，最新的工具為刷選(brush selection)。此工具主要用于在緊密簇中快速選定原子。
作業(yè)設(shè)置新功能
Gaussian Calculation Setup欄增加了許多新功能：
● A: Job Preview 面板顯示所生成的輸入文件內(nèi)容。
● B: 可以從checkpoint文件中提取數(shù)據(jù)以及直接定義%OldChk。
● C: 可以指定作業(yè)最大硬盤使用量。
● D: 新增作業(yè)類型（job types），包括polarizabilities及ORD.
● E: 提供一個(gè)擴(kuò)展面板用于指定布局分析。
● F: 支持Gaussian 16 新功能。例如anharmonic IR/Raman, VCD及ROA計(jì)算。
● G: 可查看Default.Route文件內(nèi)容。
