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教程(十一)GaussView使用技巧-高亮原子的妙用
(一)引言:
? GaussView中有很多功能,但我們平時(shí)在使用時(shí)用到的功能較少。本系列將結(jié)合筆者多年的使用經(jīng)驗(yàn),介紹GaussView的使用技巧。
? 在使用GaussView建模時(shí),當(dāng)要構(gòu)建兩個(gè)分子反應(yīng)(A+B→AB)的產(chǎn)物結(jié)構(gòu)時(shí),通常會(huì)考察不同反應(yīng)位點(diǎn)的情況,此時(shí)可以通過高亮原子功能得到不同的產(chǎn)物結(jié)構(gòu)。本文將以叔丁烷的伯碳、叔碳自由基與苯酚反應(yīng)介紹如何使用高亮原子達(dá)到快速、精準(zhǔn)建模。
苯酚與叔丁烷反應(yīng)結(jié)構(gòu)圖
(二)建模過程:
1. 叔丁基與苯酚的構(gòu)建
█ 軟件版本GaussView 6
█ 首先畫出兩個(gè)反應(yīng)物,是比較簡單的一步,所以不再贅述。結(jié)構(gòu)如下:
█ 本例中可以使用分子組窗口模式(Molecule Group),圖標(biāo)為 ,然后將需要構(gòu)建的分子放在一個(gè)頁面。
苯酚及叔丁烷分子結(jié)構(gòu)
2. 構(gòu)建不同產(chǎn)物
█ 通過觀察產(chǎn)物結(jié)構(gòu),本反應(yīng)產(chǎn)物主要是伯碳、叔碳自由基與O原子形成不同醚類產(chǎn)物的過程。因此先選中2號(hào)窗口,然后點(diǎn)擊復(fù)制分子結(jié)構(gòu),圖標(biāo)為 。
復(fù)制的叔丁烷結(jié)構(gòu)
█ 從上圖可以看出復(fù)制的叔丁烷結(jié)構(gòu)中的高亮原子為伯碳,然后可以通過鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)擊不同位置的碳原子,調(diào)整高亮原子位置,如下圖:
伯碳和叔碳位置的預(yù)覽窗口
█ 然后分別將選定的結(jié)構(gòu)在1號(hào)窗口,用鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)擊-OH鍵上的H原子,兩個(gè)不同的產(chǎn)物結(jié)構(gòu)就畫好了,如下圖:
伯碳和叔碳結(jié)構(gòu)得到的不同醚類產(chǎn)物
█ 上述方法在構(gòu)建不同反應(yīng)位點(diǎn)的產(chǎn)物時(shí)具有快速、精準(zhǔn)的特點(diǎn),希望讀者能夠在實(shí)際研究中靈活運(yùn)用。
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