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教程（二十二）GaussView使用技巧-如何將指定區(qū)域原子進行固定
發(fā)布時間：2020-04-09
關(guān)鍵詞：GaussView 如何將指定區(qū)域原子進行固定
（一）引言：
? 在計算時，有時由于某些特殊原因，我們選擇不進行全局優(yōu)化，而選擇固定某些原子進行局部優(yōu)化。固定原子進行局部優(yōu)化的方法有多種，比如前文介紹的在原子坐標前加“-1”進行固定（教程二十一），也可以通過關(guān)鍵詞 opt=readopt 進行固定。但是，在體系較大時，如果想對某一個區(qū)域進行固定，上述兩個方法就顯得比較繁瑣。本文將介紹GaussView對指定區(qū)域原子進行固定的方法。
（二）操作過程：
1. 復(fù)合物
█ 軟件版本GaussView 6
█ 本文以摻C氮化硼為底物，二苯并噻吩為吸附物的體系為例（實際體系可能更大），介紹如何使用GaussView對摻C氮化硼進行固定（即固定側(cè)視圖中的下半部分）。
 俯視圖 |
 側(cè)視圖 |
2. 用
圖標選中需要固定的區(qū)域
3. 打開Tools → Atom Groups 面板
█ 第1步：選擇Atom Group Class中的Freeze功能；
█ 第2步：光標選擇Group ID中的第二行（此時呈黃色）；
█ 第3步：選擇Group Actions中的Add Selected atoms to “Freeze(Yes)”選項。
█ 操作結(jié)束后，可以看到Atom Tags下，第二行就已經(jīng)把選擇的原子都凍結(jié)了。
4. 點擊OK，然后保存為輸入文件，然后查看輸入文件內(nèi)容：
%mem=16GB %nprocshared=8 %chk=DBT-N-34543.chk # opt b3lyp/6-31+g(d) guess=read empiricaldispersion=gd3 Title Card Required 0 1 H -1 1.84790600 -7.31236800 -0.35293500 H -1 -0.65330800 -7.25267200 -0.45615400 H -1 -2.91775500 -6.10200800 -0.59875600 H -1 -5.17444700 -4.93804400 -0.73778600 H -1 -6.68370000 -2.94587600 -0.88834900 H -1 -6.79952300 -0.43337600 -0.96923400 H -1 -6.93629800 2.07949300 -0.97982300 H -1 -5.63341600 4.21769100 -0.93698100 H -1 -3.50468900 5.60584500 -0.88543500 H -1 -1.36832300 6.98228400 -0.81587300 H -1 1.11378500 7.29656100 -0.70034900 H -1 3.34889500 6.14177600 -0.59137600 H -1 5.59161000 5.00420800 -0.47651200 H -1 6.79134200 2.80689700 -0.42105500 H -1 6.92792500 0.26867500 -0.39285300 H -1 7.04878400 -2.26992300 -0.32874900 H -1 6.07665800 -4.57778100 -0.29152400 H -1 3.95841400 -5.93800100 -0.33538100 B -1 -1.26936900 -0.15315200 -0.84621000 N -1 1.62077100 -0.00619300 -0.74762600 N -1 -0.60928200 1.13414200 -0.84986200 B -1 -1.14494800 -2.65289000 -0.74941200 B -1 3.06140400 0.06811100 -0.65853400 B -1 -3.37392800 -1.51245600 -0.86919700 B -1 3.31277200 -4.93760900 -0.42311000 B -1 5.41647800 -3.58547400 -0.37593400 N -1 -0.20640500 -6.34434000 -0.49090100 N -1 3.97377100 -3.65875400 -0.45824600 N -1 6.03844400 -2.30516600 -0.39163100 N -1 -2.45433300 -5.20180400 -0.63856100 N -1 3.84756300 -1.14872200 -0.58761500 N -1 5.91864500 0.21602700 -0.46546100 N -1 -4.69589300 -4.04603400 -0.77285500 N -1 -2.59058500 -2.72728300 -0.80258200 N -1 3.72064000 1.35937800 -0.63697000 N -1 5.78296400 2.73724000 -0.48640300 B -1 5.03466900 3.94804100 -0.52258500 B -1 -5.60687200 -0.37274000 -0.94868200 B -1 2.80652800 5.07922100 -0.64049300 N -1 -2.71476500 -0.22728900 -0.89857000 N -1 1.49269900 2.49935200 -0.75425100 N -1 3.59276400 3.87242300 -0.61116200 N -1 -4.95566100 0.91024500 -0.95289000 N -1 -2.84137800 2.27433200 -0.90850100 N -1 1.37139800 5.01004900 -0.72429200 B -1 -5.74206700 2.12316800 -0.95888000 B -1 -3.63046500 3.49107400 -0.91161200 B -1 -1.52241900 4.85744700 -0.85469800 B -1 0.58577400 6.22544900 -0.74365200 N -1 -5.06845700 3.37703900 -0.93097700 N -1 -2.95364800 4.75555900 -0.88708600 N -1 -0.83205000 6.12306100 -0.81150100 C 0 -1.30421800 -0.34182500 2.48781100 S 0 -0.73063300 2.24583200 2.55431500 C 0 0.14597100 -0.25667000 2.53470000 C 0 0.59941900 1.08319100 2.56537600 C 0 1.96265400 1.39194100 2.58916800 H 0 2.29880500 2.42503200 2.58881200 C 0 2.88259300 0.34485500 2.59174500 H 0 3.94609500 0.56713400 2.59016700 C 0 2.44919100 -0.99148800 2.57044800 C 0 1.09124000 -1.29391200 2.53961200 H 0 3.18091700 -1.79416600 2.55416500 H 0 0.76241000 -2.32901400 2.50172900 C 0 -1.91301800 0.93547300 2.48888900 C 0 -3.30233900 1.08182900 2.43236400 H 0 -3.75746200 2.06802300 2.41390000 C 0 -4.09054100 -0.06635300 2.37908600 C 0 -3.50230800 -1.34243700 2.37987600 C 0 -2.11899900 -1.48273900 2.43115600 H 0 -4.13216600 -2.22529400 2.31837400 H 0 -1.66821300 -2.47131100 2.41002800 H 0 -5.17086700 0.02935000 2.31749000 C -1 -3.49922600 0.98636900 -0.91857000 C -1 -1.39442200 2.34953500 -0.87145300 C -1 -0.73501300 3.64017700 -0.85774400 C -1 0.70566900 3.71323000 -0.78073300 C -1 2.93429200 2.57198300 -0.67076300 C -1 5.16453500 1.43531800 -0.53265600 C -1 0.96075700 -1.29280000 -0.72901600 C -1 -0.48324400 -1.36840600 -0.78878200 C -1 0.83400300 1.20755400 -0.78443200 C -1 1.74615200 -2.51042800 -0.64791000 C -1 3.18809600 -2.43442400 -0.57006000 C -1 1.08518400 -3.79495700 -0.59670200 C -1 1.87618000 -5.01556000 -0.48722800 C -1 1.21569500 -6.30210700 -0.43824300 C -1 -1.02114400 -5.15869200 -0.59188600 C -1 -0.35892100 -3.86801200 -0.64292300 C -1 -3.25446100 -4.01429100 -0.74041700 C -1 -5.49142700 -2.86810000 -0.86174200 C -1 -4.83032200 -1.58375400 -0.90670200 C -1 5.29181800 -1.07452300 -0.48459200
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