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教程(二十)GaussView使用技巧-如何保存動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)圖
(一)引言:
? 在論文寫作或者教學(xué)過(guò)程當(dāng)中,我們常常想要制作動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)圖用于闡明化學(xué)變化過(guò)程。例如,搜索過(guò)渡態(tài)時(shí)需使用內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo)(IRC)來(lái)確認(rèn)過(guò)渡態(tài)的結(jié)構(gòu)是否連接反應(yīng)物和產(chǎn)物。此時(shí),如果能將IRC中每一個(gè)結(jié)構(gòu)保存為動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)圖,將可以比較全面的展示過(guò)渡態(tài)的結(jié)構(gòu)變化。另外,在進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化或者勢(shì)能面掃描(Scan)時(shí),我們也可以通過(guò)保存動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)圖來(lái)觀察分子結(jié)構(gòu)的變化過(guò)程。最后,在進(jìn)行紅外和拉曼光譜模擬時(shí),如果我們需要保存某個(gè)頻率所對(duì)應(yīng)的振動(dòng)模式,也可以將其保存為動(dòng)態(tài)圖。本文將以教程五中的過(guò)渡態(tài)結(jié)構(gòu)以及教程十九中的IRC計(jì)算為例,介紹?何保存動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)圖。
(二)作圖過(guò)程:
1. 將結(jié)構(gòu)優(yōu)化過(guò)程保存為動(dòng)態(tài)圖(gif文件)
█ 打開教程五中的過(guò)渡態(tài)結(jié)構(gòu)所對(duì)應(yīng)的log文件,如下圖:
█ 軟件版本Gaussian 16, GaussView 6
█ 我們可以看到,這個(gè)過(guò)渡態(tài)的搜索過(guò)程經(jīng)歷了5步優(yōu)化。
█ 注意在打開log文件時(shí)一定要勾選以下選項(xiàng):
█ 然后在結(jié)構(gòu)圖上點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵File → Save Movies → Save Movie File,則會(huì)彈出保存動(dòng)態(tài)圖gif的界面:
█ 最終得到的動(dòng)態(tài)圖效果如下:
2. 將內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo)計(jì)算結(jié)構(gòu)保存為動(dòng)態(tài)圖(gif文件)
█ 打開教程十九中的IRC計(jì)算log文件,如下圖所示:
█ 跟上面一樣,然后在結(jié)構(gòu)圖上點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵File → Save Movies → Save Movie File,則會(huì)彈出保存動(dòng)態(tài)圖gif的界面:
█ 最終得到的動(dòng)態(tài)圖效果如下(同教程十九中的gif圖):
3. 將頻率計(jì)算振動(dòng)模式保存為動(dòng)態(tài)圖(gif文件)
█ 因?yàn)樗阉鬟^(guò)渡態(tài)時(shí)我們同時(shí)也計(jì)算了頻率(freq關(guān)鍵詞),所以我們還是打開教程五中的過(guò)渡態(tài)結(jié)構(gòu)所對(duì)應(yīng)的log文件
█ 然后點(diǎn)擊GaussView面板上的Results → Vibrations,然后選擇你想要保存的振動(dòng)模,本例中選擇虛頻為例(圖中的第一個(gè)頻率)。然后點(diǎn)擊Save Movies → Save Movie File,則會(huì)彈出保存動(dòng)態(tài)圖gif的界面:
█ 最終得到的動(dòng)態(tài)圖效果如下:
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