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- 教程(十七)Gaussian計算服務(wù)器的配置
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教程(十七)Gaussian計算服務(wù)器的配置
? 我們剛開始使用Gaussian軟件進行量子化學計算時,首先碰到的問題就是:如何配置服務(wù)器。本文將以通俗易懂的語言介紹如何合理的配置服務(wù)器。
? 首先我們將幾個經(jīng)常被問到的問題進行回復(fù):
1. 我們是研究XX領(lǐng)域的,請問在配置服務(wù)器的時候有什么特殊要求嗎?
2. 請問我要做XX方面的計算,應(yīng)該配多少核的CPU以及多少內(nèi)存?
回答: 一般情況下(假定做密度泛函計算),服務(wù)器配置與你所研究的領(lǐng)域、所要計算的問題沒有必然聯(lián)系。Gaussian是一款量子力學的程序,只要你的研究領(lǐng)域?qū)儆谠映叨燃耙陨?,服?wù)器的配置通常只與你研究的體系大小有關(guān)(簡單來說就是你體系中原子數(shù)目的多少)。對于同一個服務(wù)器配置,你研究的體系越小,計算時間越快;體系越大,計算時間越長。并且,計算時間與體系的大小成指數(shù)級增長關(guān)系,而不是線性關(guān)系。所以,不存在應(yīng)該配多少核的CPU及多少內(nèi)存的這個問題。唯一存在的問題是:你打算用多少經(jīng)費用于配置服務(wù)器。服務(wù)器越多、配置越高,計算時間就越短。
? 服務(wù)器配置
CPU: 對于量子化學計算來說,CPU選用Intel的會更加省心,許多量子化學程序?qū)ntel CPU的兼容都是最完美的,而且Intel有自帶的編譯器和數(shù)學庫,其編譯器還有專門為Intel的CPU優(yōu)化的選項。另外,推薦購買至強(Xeon)系列,此系列CPU是專門為高性能計算設(shè)計的。至強系列和酷睿系列的CPU區(qū)別就是市場定位不一樣,至強系列是服務(wù)器CPU,比酷睿系列擁有更為豐富的指令集,更為出色的性能和支持更多的并發(fā)連接數(shù),特別是在需要多線程運行的場景中優(yōu)勢相比酷睿系列是很明顯的。
GPU: Gaussian 16版本開始支持GPU計算,目前支持的GPU型號有V100 (Volta),P100 (Pascal), NVIDIA K40及K80 GPUs。如果你的經(jīng)費充足,并且有其它軟件需要用GPU計算,可以考慮配置GPU。
內(nèi)存: 內(nèi)存的大小建議與服務(wù)器總核數(shù)相關(guān)(物理核數(shù),而不是線程數(shù))。一般一個核心配置至少2GB內(nèi)存。例如,如果CPU的總核數(shù)為16,則建議配置32GB以上內(nèi)存。
Gaussian會根據(jù)CPU核數(shù)和內(nèi)存的配置來自動選擇是CPU優(yōu)先還是內(nèi)存優(yōu)先的算法。
所以經(jīng)費允許情況下,CPU核數(shù)和內(nèi)存盡量配置高一點。
硬盤: 一般情況下(假定做密度泛函計算),對于硬盤的大小和存儲速度沒有特殊要求。如果你需要做post-HF計算,則建議使用存儲速度較快的固態(tài)硬盤并且硬盤空間需要足夠大。
其它問題:如需進一步了解,可以聯(lián)系我們。
Tel:021-66823328;
QQ:2196089718
Email: sales@emoltech.com
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