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相關(guān)學(xué)習(xí)教程
- 使用freqchk命令進(jìn)行熱力學(xué)校正
- 教程（二十四）使用freqchk命令進(jìn)行熱力學(xué)校正
- 教程（二十三）GaussView使用技巧-如何設(shè)定溫度和壓力
- 教程（二十二）GaussView使用技巧-如何將指定區(qū)域原子進(jìn)行固定
- 教程（二十一）幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化中如何固定部分原子
- 教程（二十）GaussView使用技巧-如何保存動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)圖
- 教程（十九）內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo)（IRC）計(jì)算
- 教程（十八）過渡態(tài)搜索（三）
- 教程（十七）Gaussian計(jì)算服務(wù)器的配置
- 教程（十六）AMPAC專業(yè)級半經(jīng)驗(yàn)量子力學(xué)模塊安裝
教程列表27條
【2022-04-17】使用freqchk命令進(jìn)行熱力學(xué)校正
（一）引言：
? 在使用Gaussian進(jìn)行計(jì)算時(shí)，我們根據(jù)所要研究體系的狀態(tài)設(shè)置溫度和壓力等條件，教程二十三介紹了如何設(shè)置體系的溫度和壓力。但在某些體系中，我們想要考察該體系在不同溫度和壓力下的熱力學(xué)量，應(yīng)該怎么辦呢？我們并不需要重新設(shè)定溫
【2020-10-19】教程（二十四）使用freqchk命令進(jìn)行熱力學(xué)校正
（一）引言：
? 在使用Gaussian進(jìn)行計(jì)算時(shí)，我們根據(jù)所要研究體系的狀態(tài)設(shè)置溫度和壓力等條件，教程二十三介紹了如何設(shè)置體系的溫度和壓力。但在某些體系中，我們想要考察該體系在不同溫度和壓力下的熱力學(xué)量，應(yīng)該怎么辦呢？我們并不需要重新設(shè)定溫度和壓力重新進(jìn)行計(jì)算（重新進(jìn)行頻率計(jì)算需要花費(fèi)大量的計(jì)算時(shí)間）。本文以教程二十三中的甲烷計(jì)算為例，將介紹如何使用freqchk命令產(chǎn)生不同溫度和壓力
【2020-10-19】教程（二十三）GaussView使用技巧-如何設(shè)定溫度和壓力
（一）引言：
? 在使用Gaussian進(jìn)行計(jì)算時(shí)，由于每個(gè)人所研究體系的化學(xué)環(huán)境不同，最典型的情況就是系統(tǒng)所處的溫度和壓力不同，那么在Gaussian計(jì)算時(shí)如何指定溫度和壓力呢？本文以甲烷（CH4）分子為例，介紹如何設(shè)定溫度和壓力，并查看相關(guān)熱力學(xué)數(shù)值。
（二）計(jì)算過程：
1. 溫度和壓力的設(shè)置：
█ 軟件版本Gaussian 16, GaussView 6
【2020-04-09】教程（二十二）GaussView使用技巧-如何將指定區(qū)域原子進(jìn)行固定
（一）引言：
? 在計(jì)算時(shí)，有時(shí)由于某些特殊原因，我們選擇不進(jìn)行全局優(yōu)化，而選擇固定某些原子進(jìn)行局部優(yōu)化。固定原子進(jìn)行局部優(yōu)化的方法有多種，比如前文介紹的在原子坐標(biāo)前加“-1”進(jìn)行固定（教程二十一），也可以通過關(guān)鍵詞 opt=readopt 進(jìn)行固定。但是，在體系較大時(shí)，如果想對某一個(gè)區(qū)域進(jìn)行固定，上述兩個(gè)方法就顯得比較繁瑣。本文將介紹GaussView對指定區(qū)域原子進(jìn)行固定的方法。
【2020-04-09】教程（二十一）幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化中如何固定部分原子
（一）引言：
? 在幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化時(shí)，我們有時(shí)需要固定某些原子以達(dá)到研究的某種目的。比如，研究表面化學(xué)問題時(shí)，常常固定材料基底；使用ONIOM模型時(shí)，也會(huì)將低層的原子坐標(biāo)進(jìn)行固定，等等。本文將介紹如何固定原子坐標(biāo)。
（二）設(shè)置過程：
1. 方法一：笛卡爾坐標(biāo)前加入“-1”標(biāo)志
█ 軟件版本Gaussian 16, GaussView 6。
█ 以甲烷分子為例，首
【2020-04-08】教程（二十）GaussView使用技巧-如何保存動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)圖
（一）引言：
? 在論文寫作或者教學(xué)過程當(dāng)中，我們常常想要制作動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)圖用于闡明化學(xué)變化過程。例如，搜索過渡態(tài)時(shí)需使用內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo)(IRC)來確認(rèn)過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)是否連接反應(yīng)物和產(chǎn)物。此時(shí)，如果能將IRC中每一個(gè)結(jié)構(gòu)保存為動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)圖，將可以比較全面的展示過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)變化。另外，在進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化或者勢能面掃描(Scan)時(shí)，我們也可以通過保存動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)圖來觀察分子結(jié)構(gòu)的變化過程。最后，在進(jìn)行紅外和
【2020-04-08】教程（十九）內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo)（IRC）計(jì)算
（一）引言：
? 在研究化學(xué)反應(yīng)機(jī)理時(shí)，搜索到過渡態(tài)之后，有時(shí)僅從虛頻的振動(dòng)方向很難判斷過渡態(tài)是否連接反應(yīng)物和產(chǎn)物，此時(shí)可以通過內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo)(IRC)來確認(rèn)過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)是否連接反應(yīng)物和產(chǎn)物。另外，IRC計(jì)算時(shí)也可以把某個(gè)鍵長、鍵角或二面角隨反應(yīng)坐標(biāo)的變化情況描繪出來。最后，我們還能將IRC中每一個(gè)結(jié)構(gòu)（以及結(jié)構(gòu)參數(shù)）保存為動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)圖，將可以比較全面的展示過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)變化。本文將以教程五中
【2020-02-10】教程（十八）過渡態(tài)搜索（三）
（一）引言：
? 過渡態(tài)搜索是計(jì)算化學(xué)中一個(gè)很重要的內(nèi)容，它研究化學(xué)反應(yīng)動(dòng)力學(xué)方面的信息。過渡態(tài)搜索將分為多個(gè)部分進(jìn)行介紹。在教程（三）中，我們介紹了使用Opt=calcall聯(lián)合大小基組方法尋找過渡態(tài)的方法。但在某些體系中，如果反應(yīng)區(qū)域外的部分結(jié)構(gòu)還遠(yuǎn)離平衡點(diǎn)，則會(huì)存在方法失效的情況。
? 本文作為第三部分將給初學(xué)者介紹另外一種過渡態(tài)尋找方法，即運(yùn)用Scan關(guān)
【2020-02-10】教程（十七）Gaussian計(jì)算服務(wù)器的配置
? 我們剛開始使用Gaussian軟件進(jìn)行量子化學(xué)計(jì)算時(shí)，首先碰到的問題就是：如何配置服務(wù)器。本文將以通俗易懂的語言介紹如何合理的配置服務(wù)器。
? 首先我們將幾個(gè)經(jīng)常被問到的問題進(jìn)行回復(fù)：
1. 我們是研究XX領(lǐng)域的，請問在配置服務(wù)器的時(shí)候有什么特殊要求嗎？
2. 請問我要做XX方面的計(jì)算，應(yīng)該配多少核的CPU以及多少內(nèi)存？
回答： 一般情況下（假定做密度泛函計(jì)算），服務(wù)器
【2020-02-10】教程（十六）AMPAC專業(yè)級半經(jīng)驗(yàn)量子力學(xué)模塊安裝
（一）引言：
? AMPAC是Semichem公司開發(fā)的一款半經(jīng)驗(yàn)量子化學(xué)軟件包。Gaussview 6包含了AMPAC獨(dú)立的圖形界面端口，您可以使用它創(chuàng)建輸入文件、運(yùn)行作業(yè)和以及圖形化方式查看結(jié)果。
? AMPAC的功能主要包括：
█ 化學(xué)反應(yīng)模擬
◆ 過渡態(tài)及多個(gè)極小值搜索，高效優(yōu)化方法，快速穩(wěn)態(tài)尋找，勢能面掃描，內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo)
█ 性質(zhì)模
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